• גובשו עקרונות, תנאי סף לקבלת הסיוע (הסדרה כוללת של כל מיכלול הרפת, פתרון קצה לשפכים, היתר בניה, רשיון עסק) ומפתח להענקת הסיוע (על-פי מספר הפרות). גובש נוהל לקביעת הזכאות למענקים. 
• הוקמו שני מידרגי שיפוט לתכניות: ועדות שיפוט מחוזיות משותפות למחוזות המשרד לאיכות הסביבה והחקלאות וועדה ארצית (הועדה המיעצת למינהלת ההשקעות בחקלאות). המענק ניתן לרפתנים על פי שיפוט מקצועי של תכניות ההסדרה, אישורן, ווידוא הביצוע בפועל של התשתיות ברפת. 
• יחד עם משרד החקלאות ומועצת החלב הופקה חוברת בה רוכזו הנוהלים והדרישות המקצועיות. החוברת הופצה בדיוור ישיר לכל הרפתנים. 
• גובשו עקרונות לתכנון רפתות, בהן מפורטות דרישות התשתית מרפת בהתאם לסוגים השונים של מבני רפת ושיטות מימשק, וכן פתרונות קצה מקובלים לשפכי הרפתות. 
• נערכו ישיבות צוות של אנשי המשרד העוסקים בנושא וימי השתלמות לפקחי הסיירת ולפקחי מדור ניטור רעלים ללימוד הנושא. 
• הדרישה ל"פתרון קצה" לשפכי הרפתות, שבהרבה מקרים מתבטא בחיבור הרפת למערכת ביוב קיימת, יצרה את הצורך במתקני קדם-טיפול לשפכי הרפת. מכיון שאין מתקנים מוכנים מן המדף, הוקצו 3.6 מליון ש"ח מתקציב הרפורמה ומתקציב המשרד לתמיכה בהקמת מתקני חלוץ (פילוטים). הוקמו 7 מתקנים בטכנולוגיות שונות. עקב הכשלים שנתגלו בהם שינתה הרפת השיתופית את פניהה ועברה ממימשק זבל רטוב (הכולל מפרדת זבל שמייצרת שפכים מרוכזים) למימשק יבש, בו לא מתבצעת הפרדה של תשטיפי הזבל מהחומר היבש). 
• חובר נוהל מפורט לאכיפה על הרפתות, הכולל את כל שלבי האכיפה עד למילוי הדרישות או הגשת תביעה, ואת נוסחי המכתבים ודוחות הביקורת ברפתות.

מצבת רפתות חלב במחוזות המשרד להגנת הסביבה בשנת 2007:

כ-120 משקי רפת לא ניצלו כלל את המענקים שאושרו להם. חלקם (כ-55 משקים) לא השקיעו בסדרה סביבתית ונותרו מזהמים, וחלקם אילתרו תשתיות שנתנו מענה חלקי לדרישות הסביבתיות וויתרו על המענקים. אי הביצוע של תכניות ההסדרה שנשפטו, אושרו, ותוקצבו, בולט במיוחד במספר מוקדים:

• מחוז צפון- אחיהוד: 18 רפתות ללא הסדרה סביבתית (מתוך 20 רפתות במושב), עמקה: 7 רפתות ללא הסדרה (מתוך 20), כפר יהושע: 4 רפתות (מתוך 19).
• מחוז דרום- פטיש: 10 רפתות לא מוסדרות (מתוך 36 במושב), פדויים: 8 רפתות (מתוך 13), יכיני: 6 רפתות (מתוך 18), בצרון: 3 רפתות (מתוך 3).

פעילות מקצועית של המחוזות בשנת 2007
פעילות המשרד להגנת הסביבה ברפורמה כללה מערך ביקורים מסודרים בכ-1,300 רפתות והוצאת דרישות בהתאם לממצאים; ליווי ההכנה של תכניות להסדרת רפתות; שיפוט תכניות השקעה במסגרת ועדות שיפוט מחוזיות משותפות למשרדי החקלאות והגנת הסביבה, ועדה מקצועית ארצית (ועדה מייעצת למינהלת ההשקעות בחקלאות); הסדרת פעילות הרפתות במסגרת תנאים ברשיון עסק ואכיפת הדרישות הסביבתיות באמצעות דוחות ברירת משפט על- פי החוק לשמירת הנקיון ובאמצעות תביעות משפטיות על- פי חוק המים והחוק לרשוי עסקים.

במהלך שנת 2007 נערכו מאות ביקורים ייעודיים לאומדן הביצוע ברפתות. המענקים המאושרים ניתנים לרפתות ע"פ אומדן הביצוע בדו"חות אלו. השנה עיקר דוחות הביצוע היו דוחות סופיים שאיפשרו את את הענקת החלק האחרון של המענק. חלק זה מותנה בהוצאת רשיון עסק לרפת.

רשוי עסקים לרפתות
בסך הכל 565 רשיונות עסק לרפתות חלב אושרו עד חודש 5/2008 על- פי תנאי המשרד להגנת הסביבה. 30 בקשות נוספות לרשיון עסק נמצאו בטיפול, נכון לאותו מועד. שאר הרפתות הגישו לרשות המקומית בקשות לרישוי (בקשה לרשיון עסק היתה תנאי לשיפוט תכניות ההשקעה ואישור המענקים), שטרם הועברו מהרשות המקומית לאישור המשרד.

 פעילות אכיפה בשנת 2007 (המשטרה הירוקה)

• 17 דוחות ברירת משפט ניתנו בסה"כ בשנת 2007 לרפתות ששפכים, תשטיפים או זבל גלשו מהן לרשות הרבים. (בהתפלגות ע"פ מגזרי התישבות: 6 דו"חות למשקים שיתופיים ו-11 למשקים משפחתיים). גובה הקנסות נע בין 750 ל-6,000 ₪. זאת לעומת 86 דוחות שניתנו בשנת 2006.
• במהלך שנת 2007 לא נפתחו תיקי חקירה חדשים נגד רפתות.

מבצעי אכיפה בשנת 2007
מבצעי האכיפה הארציים נערכים בדרך כלל בחורף, במזג אויר גשום, ובודקים ברגע האמת את יכולת העמידה המעשית של התשתיות שהוקמו ברפתות באמות המידה הסביבתיות. ב-11/1/2007 נערך מבצע אכיפה בפריסה ארצית, בשיתוף המשטרה הירוקה והרכזים במחוזות. במבצע נבדקו 115 רפתות ול-5 מתוכן ניתנו דוחו"ת ברירות משפט (כ-4%). במבצע ארצי שנערך במתכונת דומה שנה לפני כן, בינואר 2006, נבדקו 245 רפתות וניתנו 63 דו"חות (כ-26%). אם תוצאות המבצע משקפות את מצב הענף מבחינה סביבתית, זהו בהחלט הישג סביבתי לענף. שני מבצעי אכיפה נוספים, מיוחדים לרפתות, נערכו בשנת 2007 במחוז צפון.

הישגים סביבתיים ברפורמה נכון לשנת 2007:

• מניעת הזיהום הסביבתי - ענף הבקר לחלב זוהה לפני הרפורמה כענף המזהם ביותר מבין ענפי החקלאות. עיקר הזיהום נגרם מזרימה וחלחול בלתי מבוקרים של תשטיפים הנובעים מהזבל ומפעילות הרפת. בעקבות ההשקעות שבוצעו רוב הזיהום הופסק: 88% מרפתות החלב עומדות בדרישות של מודל "רפת בועה", עם תשתיות למניעת חלחול מזהמים, למניעת נגירה בלתי מבוקרת של זבל, תשטיפים ושפכים, למניעת זיהום של מי גשם נקיים, אצירה מסודרת של הזבל במאצרות ופתרון קצה מסודר לשפכים. כל השפכים והתשטיפים שמייצר הענף (ש"ע לשפכי 6 מליון תושבים) נקלטים ומטופלים במערכות ביוב משקיות או אזוריות.
• שידרוג מט"שים - שודרגו למעלה מ-25 מט"שים משקיים ואזוריים קטנים, במימון מתקציב הרפורמה (ע"פ העומס היחסי של הרפת).
• מפעלים אזוריים - הוקמו מתקנים אזוריים מסודרים לטיפול בזבל. המתקנים עומדים בדרישות התשתית של המשרד להגנת הסביבה, כולל איטום קרקע בפני חלחול מזהמים ואמצעים לקליטת התשטיפים הנוצרים בתהליך עיבוד הזבל. קיום המתקנים המסודרים מאפשר לפעול לחיסול התופעה של אצירת זבל בשדות ללא תשתיות מתאימות.
• טכנולוגיות ייחודיות - פותחו טכנולוגיות ייחודיות כמו רפתות עם גגות נפתחים וצינון באמעות עירפול, המאפשרות אוירה יבשה ברפת, ריפוד יבש וצמצום המפגעים הנובעים מרטיבות, כמו ריחות וזבובים. יובאו טכנולוגיות חדשות כמו גורפים מכניים לזבל ורובוטים לחליבה, המאפשרות צמצום משמעותי של צריכת המים בענף וצימצום יצירת שפכים.
• רווחת הפרה - שופרה באופן משמעותי רווחת הפרה ברפת. מרחב המחיה הוכפל מכ-10 מ"ר/פרה לכ-20 מ"ר/פרה ותנאי האיורור והריפוד שופרו. מעבר להיבט של צער בעלי חיים, השיפור מתבטא גם בתנובת הפרה.
• שטחים פתוחים - נשמר הפיזור הכללי של הרפתות ברחבי הארץ, כולל באזורים הצפופים יחסית כמו המרכז והצפון. שטחי גידול המספוא הצמודים לרפתות מאפשרים שמירה על שטחים פתוחים ומהווים יעד ליישום הקולחים המופקים משפכים עירוניים.
• אופקים חדשים - נפתחו אופקים חדשים לענף החלב ולמשק האנרגיה הלאומי: מתקני ביוגז המאפשרים ניצול זבל הבקר להפקת אנרגיה מתחדשת.